Организацию и деятельность СО АН можно назвать одним из феноменов в истории отечественной науки. В основу его формирования были заложены принципы новой формы организации науки, ставшей прообразом многих других региональных отделений АН. Система организации и управления научными исследованиями в академическом секторе науки, в том числе НИУ, размещённых в Сибири, принципиально изменилась с созданием Сибирского отделения АН.